黄奎博教授说，马英九在任内不会改变军费预算最少花费GDP3%的比例，也不会出访大陆，只要大陆还有飞弹对准台湾。并且会一直争取美国协防台湾的政策。

　　黄奎博教授说，在对台军购案上，台湾比美国有更加迫切的愿望，但是有较少的决定权。美国在军事技术方面以及出售武器可能产生的地区局势影响等方面存在疑虑。而台湾最大的问题是，否能承受庞大的军费开支。但是他同时表示，相对于陈水扁当局，马英九对军购的诉求没有那么高。

　　黄奎博教授说，马英九的政策灵活且务实，一切的出发点就是如何让台湾获得更多的实际利益和生存空间。马英九特别强调两岸关系“不是国与国的关系”，是“不统、不独、不武”，在他任内不支持法理台独以及反对武力解决两岸问题的理念。